Для того чтобы поддерживать в таком просторном салоне оптимальный микроклимат, автомобиль оснащается климатической установкой особой мощности. Частью базовой комплектации автомобиля R-Класса является система двухзонного автоматического климат-контроля THERMATIC с комбинированным фильтром. Она обеспечивает приятный микроклимат, индивидуально настраиваемый для левой и правой половины салона. А в качестве опции предлагается система автоматического климат-контроля премиум-класса THERMOTRONIC. Она позволяет задавать индивидуальный микроклимат для трёх зон в салоне: зоны водителя, зоны переднего пассажира и всей задней части салона, причём настройки для последней зоны осуществляются пассажирами второго ряда сидений. На задней торцевой стороне центральной консоли находится розетка (12 В) и два съёмных подстаканника, которые предлагаются в качестве дополнительного оборудования. Там же расположены и органы управления климатической установки для задней части салона (только при заказе системы автоматического климат-контроля премиум-класса THERMOTRONIC). Рассеиватели этой системы встраиваются в облицовку задних боковин.