Естественно, как и любой автомобиль AMG, новый E 63 AMG оснащается чрезвычайно эффективной тормозной системой AMG повышенной мощности. Не передней и задней осях применяются вентилируемые и перфорированные тормозные диски роскошного размера – 360 мм. Тормозные диски передней оси, на которые оказывается повышенная нагрузка, выполняются в композитном варианте, отлично зарекомендовавшем себя в автоспорте. Окрашенные в серебристый цвет тормозные скобы с белой надписью AMG и шестью поршнями на передней и четырьмя поршнями на задней оси обеспечивают спонтанное и стойкое к снижению своей эффективности замедление, а также кратчайший тормозной путь.